Lili reprèn la història dels joves protagonistes de Lil des del dia mateix que el més gran, en Stif, s'exilia al Rosselló després d'un duel a mort del qual ha sortit vencedor. En Lil, un nen efeminat, amb veritable consciència de nena, resta al Sud amb la seva mare adoptiva, entrampat entre l'enyor, la solitud, els conflictes a l'escola i l'enfrontament amb el pare biològic, un metge, que insisteix a sotmetre'l a tractament. Per contra, ell, que ja ha començat a ser ella, s'esforçarà a dur a termini aquesta transició de gènere. En Lil-Lili i en Stif viuran per separat, durant mesos, les personals tribulacions, faran nous amics i algun enemic, i trobaran nous amants, que podent allunyar-los, els seran benèfics sense disminuir gens l'amor més profund que senten l'un per l'altre, i que al capdavall els mourà a retrobar-se malgrat els greus obstacles.