Los huérfanos que forman parte de La Academia, dirigida por la joven Sofía Hipatia, utilizan una revolucionaria forma de pensar, basada en la filosofía, para encontrar nuevas pistas que permitan dar con el criminal más buscado. Una inquietante figurita de papel hecha con la técnica del origami aparece junto al cadáver de un capitán de barco. Sin embargo, el cuerpo no presenta signos de violencia y la policía descarta el asesinato. Únicamente los pensadores de la agencia FILO&SOFÍA se plantean el hecho como sospechoso. Trágicamente, sus sospechas pronto se hacen realidad